<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.3 20210610//EN" "JATS-journalpublishing1-3.dtd">
<article article-type="research-article" dtd-version="1.3" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xml:lang="ru"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">antibiotics</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="ru">Антибиотики и Химиотерапия</journal-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>Antibiot Khimioter = Antibiotics and Chemotherapy</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn pub-type="ppub">0235-2990</issn><publisher><publisher-name>ООО «Издательство ОКИ»</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="doi">10.37489/0235-2990-2023-68-9-10-25-33</article-id><article-id custom-type="elpub" pub-id-type="custom">antibiotics-1073</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="heading"><subject>Research Article</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="ru"><subject>ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ СТАТЬИ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="en"><subject>Experimental Research</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title>Влияние шоковых концентраций гентамицина  на формирование устойчивости и мелкоколониевых  фенотипов у Staphylococcus aureus</article-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>The Effect of Shock Gentamicin Concentrations on the Formation of Resistance and Small Colony Variants in Staphylococcus aureus</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-3480-8089</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Гостев</surname><given-names>В. В.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Gostev</surname><given-names>V. V.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Гостев Владимир Валерьевич — к. б. н., старший научный сотрудник; доцент кафедры</p><p>WOS Researcher. ID: P-1949-2016. Scopus Author ID: 55614534400 </p><p>ул. Профессора Попова, д. 9, ДНКЦИБ, г. Санкт-Петербург, 197022</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Vladimir V. Gostev — Ph. D. in Biology, Senior Research Fellow; Associate Professor of the Department</p><p>WOS Researcher. ID: P-1949-2016. Scopus Author ID: 55614534400</p><p>9 Prof. Popova st., Pediatric Research and Clinical Center for Infectious Diseases, Saint-Petersburg, 197022</p></bio><email xlink:type="simple">guestvv11@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0003-1419-9068</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Калиногорская</surname><given-names>О. С.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Kalinogorskaya</surname><given-names>O. S.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Калиногорская Ольга Серафимовна — к. м. н., научный сотрудник</p><p>WOS Researcher ID: AAW-3832-2020. Scopus Author ID: 56525317800 </p><p>Санкт-Петербург</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Olga S. Kalinogorskaya — Ph. D. in Medicine, Research Fellow</p><p>WOS Researcher ID: AAW-3832-2020. Scopus Author ID: 56525317800</p><p> St. Petersburg</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-2"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0003-3493-0583</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Сулян</surname><given-names>О. С.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Sulian</surname><given-names>O. S.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Сулян Офелия Спартаковна — младший научный сотрудник</p><p>WOS Researcher ID: AAB-3314-2021. Scopus Author ID: 57219423522</p><p>Санкт-Петербург</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Ofeliia S. Sulian — Junior Research Fellow</p><p>WOS Researcher ID: AAB-3314-2021. Scopus Author ID: 57219423522</p><p>St. Petersburg</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-2"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-6279-944X</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Чулкова</surname><given-names>П. С.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Chulkova</surname><given-names>P. S.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Чулкова Полина Сергеевна — младший научный сотрудник, Федеральное государственное бюджетное учреждение «Детский научно-клинический центр инфекционных болезней Федерального медико-биологического агентства</p><p>WOS Researcher ID: AAB-3307-2021. Scopus Author ID: 57210585992</p><p>Санкт-Петербург</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Polina S. Chulkova — Junior Research Fellow</p><p>WOS Researcher ID: AAB-3307-2021. Scopus Author ID: 57210585992 </p><p>St. Petersburg</p><p> </p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-2"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-7825-273X</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Сопова</surname><given-names>Ю. В.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Sopova</surname><given-names>J. V.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Сопова Юлия Викторовна — к. б. н., ведущий научный сотрудник; научный сотрудник</p><p>WOS Researcher ID: N-5112-2015. Scopus Author ID: 57203508462 </p><p>Санкт-Петербург</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Julia V. Sopova — Ph. D. in Biology, Leading Research Fellow; Research Fellow</p><p>St. Petersburg</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-3"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-9005-527X</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Велижанина</surname><given-names>М. Е.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Velizhanina</surname><given-names>M. E.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Велижанина Мария Евгеньевна — младший научный сотрудник; младший научный сотрудник</p><p>Scopus Author ID: 57204238529</p><p>Санкт-Петербург</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Maria E. Velizhanina — Junior Research Fellow, St. Petersburg State University; Junior Research Fellow</p><p>Scopus Author ID: 57204238529 </p><p>St. Petersburg</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-4"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Плешков</surname><given-names>В. Ю.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Pleshkov</surname><given-names>V. Yu.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Плешков Вячеслав Юрьевич — врач-бактериолог; лаборант-исследователь</p><p>Санкт-Петербург</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Vyacheslav Yu. Pleshkov — Physician-Bacteriologist, St. Petersburg Research Institute of Emergency Medicine named after I. I. Dzhanelidze; Laboratory Assistant-Researcher</p><p>St. Petersburg</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-5"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-3963-0144</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Агеевец</surname><given-names>В. А.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Ageevets</surname><given-names>V. A.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Агеевец Владимир Андреевич — к. б. н., научный сотрудник</p><p>WOS Researcher ID: F-9282-2017. Scopus Author ID: 55949608900 </p><p> </p><p>Санкт-Петербург</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Vladimir A. Ageevets — Ph. D. in Biology, Research Fellow</p><p>WOS Researcher ID: F-9282-2017. Scopus Author ID: 55949608900</p><p>St. Petersburg</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-2"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0003-3550-7875</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Сидоренко</surname><given-names>С. В.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Sidorenko</surname><given-names>S. V.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Сидоренко Сергей Владимирович — д. м. н., профессор, чл.-корр РАН, заведующий научно-исследовательским отделом; профессор кафедры</p><p>WOS Researcher ID: 7875 E-5870-2011. Scopus Author ID: 7102484509</p><p>Санкт-Петербург</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Sergey V. Sidorenko — D. Sc. in Medicine, Professor, Corresponding Member of the Russian Academy of Sciences, Head of Research Department; Professor of the Department</p><p>WOS Researcher ID: 7875 E-5870-2011. Scopus Author ID: 7102484509 </p><p>St. Petersburg</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff-1"><aff xml:lang="ru"><institution>ФГБУ «Детский научно-клинический центр инфекционных болезней ФМБА России»; ФГБОУ ВО Северо-Западный государственный медицинский университет им. И. И. Мечникова Минздрава России</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Pediatric Research and Clinical Center for Infectious Diseases under the Federal Medical Biological Agency; North-Western State Medical University named after I. I. Mechnikov</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff-2"><aff xml:lang="ru"><institution>ФГБУ «Детский научно-клинический центр инфекционных болезней ФМБА России»</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Pediatric Research and Clinical Center for Infectious Diseases under the Federal Medical Biological Agency</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff-3"><aff xml:lang="ru"><institution>Санкт-Петербургский государственный университет; Санкт-Петербургский филиал Института общей генетики им. Н. И. Вавилова</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Saint-Petersburg State University; St. Petersburg branch of the Vavilov Institute of General Genetics</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff-4"><aff xml:lang="ru"><institution>Санкт-Петербургский государственный университет; Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной микробиологии</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Saint-Petersburg State University; All-Russian Research Institute for Agricultural Microbiology</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff-5"><aff xml:lang="ru"><institution>ФГБУ «Детский научно-клинический центр инфекционных болезней ФМБА России»; ГБУ «Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт скорой помощи им. И. И. Джанелидзе»</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Pediatric Research and Clinical Center for Infectious Diseases under the Federal Medical Biological Agency; St. Petersburg Research Institute of Emergency Medicine named after I. I. Dzhanelidze</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><pub-date pub-type="collection"><year>2023</year></pub-date><pub-date pub-type="epub"><day>15</day><month>01</month><year>2024</year></pub-date><volume>68</volume><issue>9-10</issue><fpage>25</fpage><lpage>33</lpage><permissions><copyright-statement>Copyright &amp;#x00A9; Гостев В.В., Калиногорская О.С., Сулян О.С., Чулкова П.С., Сопова Ю.В., Велижанина М.Е., Плешков В.Ю., Агеевец В.А., Сидоренко С.В., 2024</copyright-statement><copyright-year>2024</copyright-year><copyright-holder xml:lang="ru">Гостев В.В., Калиногорская О.С., Сулян О.С., Чулкова П.С., Сопова Ю.В., Велижанина М.Е., Плешков В.Ю., Агеевец В.А., Сидоренко С.В.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="en">Gostev V.V., Kalinogorskaya O.S., Sulian O.S., Chulkova P.S., Sopova J.V., Velizhanina M.E., Pleshkov V.Y., Ageevets V.A., Sidorenko S.V.</copyright-holder><license xml:lang="ru" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.</license-p></license><license xml:lang="en" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.</license-p></license></permissions><self-uri xlink:href="https://www.antibiotics-chemotherapy.ru/jour/article/view/1073">https://www.antibiotics-chemotherapy.ru/jour/article/view/1073</self-uri><abstract><p>Гентамицин является одним из компонентов комбинированной терапии инфекционных эндокардитов, вызванных Staphylococcus aureus, включая метициллинорезистентные штаммы (methicillin-resistant S.aureus, MRSA).</p><p>Цель исследования — анализ влияния десяти 6-часовых циклов воздействия высоких концентраций (16 мкг/мл) гентамицина in vitro на изменение фенотипа и генотипа аминогликозидочувствительных штаммов S.aureus, относящихся к четырём сиквенс-типам: ST5 (ATCC 29213), ST8, ST97 и ST22 (MRSA). Для всех штаммов, кроме ATCC 29213, после селекции отмечалось увеличение МПК гентамицина до 8–64 мкг/мл. Один штамм (SA0937) диссоциировал на три морфотипа, включая мелкоколониевый вариант (small colony variant, SCV). Вариант производного штамма SA0937 с колониями нормального размера характеризовался ассоциированной устойчивостью к даптомицину за счёт мутации P314L в MprF. Формирование устойчивости не сопровождалось изменением скорости роста, кроме морфотипа SCV. Для штамма ATCC 29213 после селекции отмечалось появление толерантности, проявляющейся в увеличении эффективного киллинга до 14 ч в 24-часовом time-killing эксперименте с концентрацией антибиотика 16 мкг/мл. У штамма ATCC 29213 выявлены мутации в пептидил т-РНК гидролазе (Pth). У трёх штаммов были обнаружены делеции в гене atpG, входящим в состав АТФ-синтазного комплекса. У остальных производных штаммов были выявлены делеции и мутации в генах метаболизма менахинона hepS, menA и трансляционном факторе элонгации G (fusA). Таким образом, использование гентамицина сопряжено с возможным быстрым формированием устойчивости и толерантности, не связанными с приобретением генов аминогликозид-модифицирующих ферментов. Выявление SCV ассоциировано с неблагоприятными клиническими исходами. При использовании комбинированной терапии необходимо учитывать, что существует возможность формирования устойчивости к даптомицину на фоне селекции гентамицином.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="en"><p>Гентамицин является одним из компонентов комбинированной терапии инфекционных эндокардитов, вызванных Staphylococcus aureus, включая метициллинорезистентные штаммы (methicillin-resistant S.aureus, MRSA). Цель исследования — анализ влияния десяти 6-часовых циклов воздействия высоких концентраций (16 мкг/мл) гентамицина in vitro на изменение фенотипа и генотипа аминогликозидочувствительных штаммов S.aureus, относящихся к четырём сиквенс-типам: ST5 (ATCC 29213), ST8, ST97 и ST22 (MRSA). Для всех штаммов, кроме ATCC 29213, после селекции отмечалось увеличение МПК гентамицина до 8–64 мкг/мл. Один штамм (SA0937) диссоциировал на три морфотипа, включая мелкоколониевый вариант (small colony variant, SCV). Вариант производного штамма SA0937 с колониями нормального размера характеризовался ассоциированной устойчивостью к даптомицину за счёт мутации P314L в MprF. Формирование устойчивости не сопровождалось изменением скорости роста, кроме морфотипа SCV. Для штамма ATCC 29213 после селекции отмечалось появление толерантности, проявляющейся в увеличении эффективного киллинга до 14 ч в 24-часовом time-killing эксперименте с концентрацией антибиотика 16 мкг/мл. У штамма ATCC 29213 выявлены мутации в пептидил т-РНК гидролазе (Pth). У трёх штаммов были обнаружены делеции в гене atpG, входящим в состав АТФ-синтазного комплекса. У остальных производных штаммов были выявлены делеции и мутации в генах метаболизма менахинона hepS, menA и трансляционном факторе элонгации G (fusA). Таким образом, использование гентамицина сопряжено с возможным быстрым формированием устойчивости и толерантности, не связанными с приобретением генов аминогликозид-модифицирующих ферментов. Выявление SCV ассоциировано с неблагоприятными клиническими исходами. При использовании комбинированной терапии необходимо учитывать, что существует возможность формирования устойчивости к даптомицину на фоне селекции гентамицином.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>Staphylococcus aureus</kwd><kwd>гентамицин</kwd><kwd>устойчивость</kwd><kwd>селекция</kwd><kwd>мелкоколониевые варианты</kwd><kwd>мутации</kwd><kwd>биосинтез менахинона</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="en"><kwd>Staphylococcus aureus</kwd><kwd>гентамицин</kwd><kwd>устойчивость</kwd><kwd>селекция</kwd><kwd>мелкоколониевые варианты</kwd><kwd>мутации</kwd><kwd>биосинтез менахинона</kwd></kwd-group><funding-group><funding-statement xml:lang="ru">Исследование поддержано грантом Российского Научного Фонда 18-75-10114-П.</funding-statement></funding-group></article-meta></front><back><ref-list><title>References</title><ref id="cit1"><label>1</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Serio A. W., Keepers T., Andrews L., Krause K. M. Aminoglycoside Revival: Review of a Historically Important Class of Antimicrobials Undergoing Rejuvenation. EcoSal Plus. 2018; 8 (1). doi 10.1128/ecosalplus.ESP-00022018.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Serio A. W., Keepers T., Andrews L., Krause K. M. Aminoglycoside Revival: Review of a Historically Important Class of Antimicrobials Undergoing Rejuvenation. EcoSal Plus. 2018; 8 (1). doi 10.1128/ecosalplus.ESP-00022018.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit2"><label>2</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Radlinski L. C., Rowe S. E., Brzozowski R. et al. Chemical Induction of Aminoglycoside Uptake Overcomes Antibiotic Tolerance and Resistance in Staphylococcus aureus. Cell Chem Biol. 2019; 26 (10): 1355–1364 e4. doi 10.1016/j.chembiol.2019.07.009.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Radlinski L. C., Rowe S. E., Brzozowski R. et al. Chemical Induction of Aminoglycoside Uptake Overcomes Antibiotic Tolerance and Resistance in Staphylococcus aureus. Cell Chem Biol. 2019; 26 (10): 1355–1364 e4. doi 10.1016/j.chembiol.2019.07.009.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit3"><label>3</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Balwit J. M., van Langevelde P., Vann J. M., Proctor R. A. Gentamicinresistant menadione and hemin auxotrophic Staphylococcus aureus persist within cultured endothelial cells. J Infect Dis. 1994; 170 (4): 1033–1037. doi 10.1093/infdis/170.4.1033.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Balwit J. M., van Langevelde P., Vann J. M., Proctor R. A. Gentamicinresistant menadione and hemin auxotrophic Staphylococcus aureus persist within cultured endothelial cells. J Infect Dis. 1994; 170 (4): 1033–1037. doi 10.1093/infdis/170.4.1033.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit4"><label>4</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Kriegeskorte A., Lore N. I., Bragonzi A. et al. Thymidine-dependent Staphylococcus aureus small-colony variants are induced by trimethoprimsulfamethoxazole (SXT) and have increased fitness during SXT challenge. Antimicrob Agents Chemother. 2015; 59 (12): 7265–7272. doi 10.1128/AAC.00742-15.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Kriegeskorte A., Lore N. I., Bragonzi A. et al. Thymidine-dependent Staphylococcus aureus small-colony variants are induced by trimethoprimsulfamethoxazole (SXT) and have increased fitness during SXT challenge. Antimicrob Agents Chemother. 2015; 59 (12): 7265–7272. doi 10.1128/AAC.00742-15.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit5"><label>5</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Kahl B. C., Becker K., Loffler B. Clinical significance and pathogenesis of staphylococcal small colony variants in persistent infections. Clin Microbiol Rev. 2016; 29 (2): 401–427. doi 10.1128/CMR.00069-15.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Kahl B. C., Becker K., Loffler B. Clinical significance and pathogenesis of staphylococcal small colony variants in persistent infections. Clin Microbiol Rev. 2016; 29 (2): 401–427. doi 10.1128/CMR.00069-15.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit6"><label>6</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Brown N. M., Goodman A. L., Horner C. et al. Treatment of methicillinresistant Staphylococcus aureus (MRSA): updated guidelines from the UK. JAC Antimicrob Resist. 2021; 3 (1): dlaa114. doi 10.1093/jacamr/dlaa114.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Brown N. M., Goodman A. L., Horner C. et al. Treatment of methicillinresistant Staphylococcus aureus (MRSA): updated guidelines from the UK. JAC Antimicrob Resist. 2021; 3 (1): dlaa114. doi 10.1093/jacamr/dlaa114.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit7"><label>7</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Davis J. S., Van Hal S., Tong S. Y. Combination antibiotic treatment of serious methicillin-resistant Staphylococcus aureus infections. Semin Respir Crit Care Med. 2015; 36 (1): 3–16. doi 10.1055/s-0034-1396906.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Davis J. S., Van Hal S., Tong S. Y. Combination antibiotic treatment of serious methicillin-resistant Staphylococcus aureus infections. Semin Respir Crit Care Med. 2015; 36 (1): 3–16. doi 10.1055/s-0034-1396906.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit8"><label>8</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Nicolau D. P., Freeman C. D., Belliveau P. P. et al. Experience with a oncedaily aminoglycoside program administered to 2,184 adult patients. Antimicrob Agents Chemother. 1995; 39 (3): 650–655. doi 10.1128/AAC.39.3.650.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Nicolau D. P., Freeman C. D., Belliveau P. P. et al. Experience with a oncedaily aminoglycoside program administered to 2,184 adult patients. Antimicrob Agents Chemother. 1995; 39 (3): 650–655. doi 10.1128/AAC.39.3.650.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit9"><label>9</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Fridman O., Goldberg A., Ronin I. et al. Optimization of lag time underlies antibiotic tolerance in evolved bacterial populations. Nature. 2014; 513 (7518): 418–421. doi 10.1038/nature13469.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Fridman O., Goldberg A., Ronin I. et al. Optimization of lag time underlies antibiotic tolerance in evolved bacterial populations. Nature. 2014; 513 (7518): 418–421. doi 10.1038/nature13469.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit10"><label>10</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Sprouffske K., Wagner A. Growthcurver: an R package for obtaining interpretable metrics from microbial growth curves. BMC Bioinformatics. 2016; 17: 172. doi 10.1186/s12859-016-1016-7.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Sprouffske K., Wagner A. Growthcurver: an R package for obtaining interpretable metrics from microbial growth curves. BMC Bioinformatics. 2016; 17: 172. doi 10.1186/s12859-016-1016-7.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit11"><label>11</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Brown J., Pirrung M., McCue L. A. FQC Dashboard: integrates FastQC results into a web-based, interactive, and extensible FASTQ quality control tool. Bioinformatics. 2017; 33 (19): 3137–3139. doi: 10.1093/bioinformatics/btx373.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Brown J., Pirrung M., McCue L. A. FQC Dashboard: integrates FastQC results into a web-based, interactive, and extensible FASTQ quality control tool. Bioinformatics. 2017; 33 (19): 3137–3139. doi: 10.1093/bioinformatics/btx373.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit12"><label>12</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Bolger A. M., Lohse M., Usadel B. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data. Bioinformatics. 2014; 30 (15): 2114–2120. doi: 10.1093/bioinformatics/btu170.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Bolger A. M., Lohse M., Usadel B. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data. Bioinformatics. 2014; 30 (15): 2114–2120. doi: 10.1093/bioinformatics/btu170.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit13"><label>13</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Bankevich A., Nurk S., Antipov D. et al. SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. J Comput Biol. 2012; 19 (5): 455–477. doi: 10.1089/cmb.2012.0021.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Bankevich A., Nurk S., Antipov D. et al. SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. J Comput Biol. 2012; 19 (5): 455–477. doi: 10.1089/cmb.2012.0021.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit14"><label>14</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Barrick J. E., Colburn G., Deatherage D. E. et al. Identifying structural variation in haploid microbial genomes from short-read resequencing data using breseq. BMC Genomics. 2014; 15: 1039. doi: 10.1186/14712164-15-1039.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Barrick J. E., Colburn G., Deatherage D. E. et al. Identifying structural variation in haploid microbial genomes from short-read resequencing data using breseq. BMC Genomics. 2014; 15: 1039. doi: 10.1186/14712164-15-1039.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit15"><label>15</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Гостев В. В., Сопова Ю. В., Калиногорская О. С. et al. Влияние шоковых концентраций ванкомицина на формирование гетерорезистентности Staphylococcus aureus. Антибиотики и химиотер. 2020; 65 (9–10): 3–7. doi: https://doi.org/10.37489/0235-2990-2020-65-9-10-3-7.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Gostev V. V., Sopova Yu. V., Kalinogorskaya O. S., Velizhanina M. E., Lazareva I. V., Starkova P. S., Sidorenko S. V. The Effects of shock vancomycin concentrations on the formation of heteroresistance. Antibiotiki i Khimioter = Antibiotics and Chemotherapy. 2020; 65 (9–10): 3–7. doi: https://doi.org/10.37489/0235-2990-2020-65-9-10-3-7. (in Russian)]</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit16"><label>16</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Hodiamont C. J., van den Broek A. K., de Vroom S. L. et al. Clinical pharmacokinetics of gentamicin in various patient populations and consequences for optimal dosing for gram-negative infections: an updated review. Clin Pharmacokinet. 2022; 61 (8): 1075–1094. doi: 10.1007/s40262022-01143-0.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Hodiamont C. J., van den Broek A. K., de Vroom S. L. et al. Clinical pharmacokinetics of gentamicin in various patient populations and consequences for optimal dosing for gram-negative infections: an updated review. Clin Pharmacokinet. 2022; 61 (8): 1075–1094. doi: 10.1007/s40262022-01143-0.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit17"><label>17</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Khare A., Tavazoie S. Extreme Antibiotic persistence via heterogeneitygenerating mutations targeting translation. mSystems. 2020; 5 (1): doi: 10.1128/mSystems.00847-19.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Khare A., Tavazoie S. Extreme Antibiotic persistence via heterogeneitygenerating mutations targeting translation. mSystems. 2020; 5 (1): doi: 10.1128/mSystems.00847-19.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit18"><label>18</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Schaaff F., Bierbaum G., Baumert N. et al. Mutations are involved in emergence of aminoglycoside-induced small colony variants of Staphylococcus aureus. Int J Med Microbiol. 2003; 293 (6): 427–435. doi: 10.1078/1438-4221-00282</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Schaaff F., Bierbaum G., Baumert N. et al. Mutations are involved in emergence of aminoglycoside-induced small colony variants of Staphylococcus aureus. Int J Med Microbiol. 2003; 293 (6): 427–435. doi: 10.1078/1438-4221-00282</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit19"><label>19</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Tuchscherr L., Kreis C. A., Hoerr V. et al. Staphylococcus aureus develops increased resistance to antibiotics by forming dynamic small colony variants during chronic osteomyelitis. J Antimicrob Chemother. 2016; 71 (2): 438–448. doi: 10.1093/jac/dkv371.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Tuchscherr L., Kreis C. A., Hoerr V. et al. Staphylococcus aureus develops increased resistance to antibiotics by forming dynamic small colony variants during chronic osteomyelitis. J Antimicrob Chemother. 2016; 71 (2): 438–448. doi: 10.1093/jac/dkv371.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit20"><label>20</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Ibacache-Quiroga C., Oliveros J. C., Couce A., Blazquez J. Parallel evolution of high-level aminoglycoside resistance in Escherichia coli under low and high mutation supply rates. Front Microbiol. 2018; 9: 427. doi: 10.3389/fmicb.2018.00427.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Ibacache-Quiroga C., Oliveros J. C., Couce A., Blazquez J. Parallel evolution of high-level aminoglycoside resistance in Escherichia coli under low and high mutation supply rates. Front Microbiol. 2018; 9: 427. doi: 10.3389/fmicb.2018.00427.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit21"><label>21</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Ng J. M. L., Ngeow Y. F., Saw S. H. et al. Mutations in atpG2 may confer resistance to gentamicin in Listeria monocytogenes. J Med Microbiol. 2022; 71 (12). doi: 10.1099/jmm.0.001618.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Ng J. M. L., Ngeow Y. F., Saw S. H. et al. Mutations in atpG2 may confer resistance to gentamicin in Listeria monocytogenes. J Med Microbiol. 2022; 71 (12). doi: 10.1099/jmm.0.001618.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit22"><label>22</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Vestergaard M., Nohr-Meldgaard K., Bojer M. S. et al. Inhibition of the ATP synthase eliminates the intrinsic resistance of Staphylococcus aureus towards polymyxins. mBio. 2017; 8 (5). doi: 10.1128/mBio.01114-17.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Vestergaard M., Nohr-Meldgaard K., Bojer M. S. et al. Inhibition of the ATP synthase eliminates the intrinsic resistance of Staphylococcus aureus towards polymyxins. mBio. 2017; 8 (5). doi: 10.1128/mBio.01114-17.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit23"><label>23</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Liu L., Beck C., Nohr-Meldgaard K. et al. Inhibition of the ATP synthase sensitizes Staphylococcus aureus towards human antimicrobial peptides. Sci Rep. 2020; 10 (1): 11391. doi: 10.1038/s41598-020-68146-4.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Liu L., Beck C., Nohr-Meldgaard K. et al. Inhibition of the ATP synthase sensitizes Staphylococcus aureus towards human antimicrobial peptides. Sci Rep. 2020; 10 (1): 11391. doi: 10.1038/s41598-020-68146-4.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit24"><label>24</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Vestergaard M., Leng B., Haaber J. et al. Genome-Wide Identification of antimicrobial intrinsic resistance determinants in Staphylococcus aureus. Front Microbiol. 2016; 7: 2018. doi: 10.3389/fmicb.2016.02018.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Vestergaard M., Leng B., Haaber J. et al. Genome-Wide Identification of antimicrobial intrinsic resistance determinants in Staphylococcus aureus. Front Microbiol. 2016; 7: 2018. doi: 10.3389/fmicb.2016.02018.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit25"><label>25</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Lobritz M. A., Belenky P., Porter C. B. et al. Antibiotic efficacy is linked to bacterial cellular respiration. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015; 112 (27): 8173–8180. doi: 10.1073/pnas.1509743112.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Lobritz M. A., Belenky P., Porter C. B. et al. Antibiotic efficacy is linked to bacterial cellular respiration. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015; 112 (27): 8173–8180. doi: 10.1073/pnas.1509743112.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit26"><label>26</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Rodriguez de Evgrafov M. C., Faza M., Asimakopoulos K., Sommer M. O. A. Systematic investigation of resistance evolution to common antibiotics reveals conserved collateral responses across common human pathogens. Antimicrob Agents Chemother. 2020; 65 (1). doi: 10.1128/AAC.01273-20.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Rodriguez de Evgrafov M. C., Faza M., Asimakopoulos K., Sommer M. O. A. Systematic investigation of resistance evolution to common antibiotics reveals conserved collateral responses across common human pathogens. Antimicrob Agents Chemother. 2020; 65 (1). doi: 10.1128/AAC.01273-20.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit27"><label>27</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Desai J., Liu Y. L., Wei H. et al. Structure, function, and inhibition of Staphylococcus aureus heptaprenyl diphosphate synthase. ChemMedChem. 2016; 11 (17): 1915–1923. doi: 10.1002/cmdc.201600311.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Desai J., Liu Y. L., Wei H. et al. Structure, function, and inhibition of Staphylococcus aureus heptaprenyl diphosphate synthase. ChemMedChem. 2016; 11 (17): 1915–1923. doi: 10.1002/cmdc.201600311.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit28"><label>28</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Kang K. M., Mishra N. N., Park K. T. et al. Phenotypic and genotypic correlates of daptomycin-resistant methicillin-susceptible Staphylococcus aureus clinical isolates. J Microbiol. 2017; 55 (2): 153–159. doi: 10.1007/s12275-017-6509-1.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Kang K. M., Mishra N. N., Park K. T. et al. Phenotypic and genotypic correlates of daptomycin-resistant methicillin-susceptible Staphylococcus aureus clinical isolates. J Microbiol. 2017; 55 (2): 153–159. doi: 10.1007/s12275-017-6509-1.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit29"><label>29</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Steed M. E., Hall A. D., Salimnia H. et al. Evaluation of daptomycin nonsusceptible Staphylococcus aureus for stability, population profiles, mprf mutations, and daptomycin activity. Infect Dis Ther. 2013; 2 (2): 187¬200. doi: 10.1007/s40121-013-0021-7.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Steed M. E., Hall A. D., Salimnia H. et al. Evaluation of daptomycin nonsusceptible Staphylococcus aureus for stability, population profiles, mprf mutations, and daptomycin activity. Infect Dis Ther. 2013; 2 (2): 187¬200. doi: 10.1007/s40121-013-0021-7.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit30"><label>30</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Jiang J. H., Peleg A. Y. Daptomycin-nonsusceptible Staphylococcus aureus: the role of combination therapy with daptomycin and gentamicin. Genes (Basel). 2015; 6: 4: 1256¬67. doi: 10.3390/genes6041256.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Jiang J. H., Peleg A. Y. Daptomycin-nonsusceptible Staphylococcus aureus: the role of combination therapy with daptomycin and gentamicin. Genes (Basel). 2015; 6: 4: 1256¬67. doi: 10.3390/genes6041256.</mixed-citation></citation-alternatives></ref></ref-list><fn-group><fn fn-type="conflict"><p>The authors declare that there are no conflicts of interest present.</p></fn></fn-group></back></article>
