antibioticsАнтибиотики и ХимиотерапияAntibiot Khimioter = Antibiotics and Chemotherapy0235-2990ООО «Издательство ОКИ»10.37489/0235-2990-2024-69-11-12-59-66LKBMNTantibiotics-1206Research ArticleКЛИНИЧЕСКИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ И ПРАКТИКАGUIDELINES FOR PRACTITIONERSЧувствительность штаммов Klebsiella pneumoniae, выделенных от больных COVID-19, к коммерчески доступным препаратам бактериофаговThe Susceptibility of Klebsiella Pneumoniae Strains Isolated from COVID-19 Patients to Commercially Available Bacteriophage Medicationshttps://orcid.org/0000-0002-6890-8096АслановБ. И.AslanovB. I.

Асланов Батырбек Исмелович – д. м. н., заведующий кафедрой эпидемиологии, паразитологии и дезинфектологии; заведующий лабораторией молекулярной эпидемиологии и исследований бактериофагов.

Санкт-Петербург

Batyrbek I. Aslanov — D. Sc. in Medicine, Head of the Department of Epidemiology, Parasitology, and Disinfection; Head of the Laboratory of Molecular Epidemiology and Bacteriophage Research, North-West SMU named after I. I. Mechnikov of the Ministry of Health of the RF.

Saint Petersburg

https://orcid.org/0000-0002-5206-6656ГончаровА. Е.GoncharovA. E.

Гончаров Артемий Евгеньевич – д. м. н., заведующий лабораторией функциональной геномики и протеомики микроорганизмов ФГБНУ Институт экспериментальной медицины; профессор кафедры эпидемиологии, паразитологии и дезинфектологии; ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии и исследований бактериофагов ФГБОУ ВО «Северо-Западный ГМУ им. И. И. Мечникова» МР.

Санкт-Петербург

Artemiy E. Goncharov — D. Sc. in Medicine, Head of the Laboratory of Functional Genomics and Proteomics of Microorganisms, Institute of Experimental Medicine; Professor of the Department of Epidemiology, Parasitology, and Disinfection; Leading Researcher of the Laboratory of Molecular Epidemiology and Bacteriophage Research, North-Western SMU named after I. I. Mechnikov of the Ministry of Health of the RF.

Saint Petersburg

phage1@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0003-1919-4725КоневС. Д.KonevS. D.

Конев Сергей Дмитриевич — аспирант кафедры эпидемиологии, паразитологтии и дезинфектологии ФГБОУ ВО «Северо-Западный ГМУ им. И. И. Мечникова» Минздрава России, начальник отдела эпидемиологии СПбГУ, КВМТ им. Н. И. Пирогова.

Санкт-Петербург

Sergei D. Konev — postgraduate student of the Department of Epidemiology, Parasitology, and Disinfection, North-West SMU named after I. I. Mechnikov, Head of the Department of Epidemiology at Pirogov Clinic of High Medical Technologies, Saint-Petersburg SU.

Saint Petersburg

https://orcid.org/0000-0002-1519-5299МоховА. С.MochovA. S.

Мохов Алексей Сергеевич — к. м. н., ассистент кафедры эпидемиологии, паразитологии и дезинфектологии.

Санкт-Петербург

Alexey S. Mochov — Ph. D. in Medicine, Assistant at the Department of Epidemiology, Parasitology, and Disinfection, North-West SMU named after I. I. Mechnikov of the Ministry of Health of the Russian Federation.

Saint Petersburg

https://orcid.org/0000-0003-2483-5144АзаровД. В.AzarovD. A.

Азаров Даниил Валерьевич — к. м. н., заведующий лабораторией инновационных методов микробиологического мониторинга НОЦ НЦМУ Центр персонализированной медицины ФГБНУ Институт экспериментальной медицины; старший научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии и исследований бактериофагов ФГБОУ ВО «Северо-Западный ГМУ им. И. И. Мечникова» Минздрава России.

Санкт-Петербург

Daniil V. Azarov — Ph. D. in Medicine, Head of the Laboratory of Innovative Methods of Microbiological Monitoring, Scientific and Educational Center of the National Center of Medical Sciences, Center for Personalized Medicine, Institute of Experimental Medicine; Senior Researcher, Laboratory of Molecular Epidemiology and Bacteriophage Research, NorthWest SMU named after I. I. Mechnikov of the Ministry of Health of the Russian Federation.

Saint Petersburg

https://orcid.org/0000-0001-9547-0192ЛебедеваЕ. А.LebedevaE. А.

Лебедева Екатерина Андреевна — к. м. н., асcистент кафедры эпидемиологии, паразитологии и дезинфектологии; старший научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии и исследований бактериофагов ФГБОУ ВО «Северо-Западный ГМУ им. И. И. Мечникова» Минздрава России.

Санкт-Петербург

Ekaterina A. Lebedeva — Ph. D. in Medicine, Assistant at the Department of Epidemiology, Parasitology, and Disinfection; Senior Researcher at the Laboratory of Molecular Epidemiology and Bacteriophage Research, North-West SMU named after I. I. Mechnikov of the Ministry of Health of the Russian Federation.

Saint Petersburg

https://orcid.org/0009-0008-4744-8079КулешоваА. В.KuleshovaA. V.

Кулешова Алена Витальевна — заведующий бактериологической лаборатории, научный сотрудник.

Санкт-Петербург

Alyona V. Kuleshova — Head of the Bacteriological Laboratory, Researcher.

Saint Petersburg

https://orcid.org/0000-0002-1537-211XКолоджиеваВ. В.KolodzhievaV. V.

Колоджиева Виктория Васильевна — к. м. н., доцент кафедры эпидемиологии, паразитологии и дезинфектологии.

Санкт-Петербург

Viktoria V. Kolodzhieva — Ph. D. in Medicine, Associate Professor at the Department of Epidemiology, Parasitology, and Disinfection.

Saint Petersburg

https://orcid.org/0000-0001-6667-2377КолосовскаяЕ. Н.KolosovskayaE. N.

Колосовская Елена Николаевна — профессор кафедры эпидемиологии, паразитологии и дезинфектологии.

Санкт-Петербург

Elena N. Kolosovskaya — Professor of the Department of Epidemiology, Parasitology and Disinfection,

https://orcid.org/0009-0003-4643-0030НифонтоваА. М.NifontovaA. M.

Нифонтова Анна Михайловна — аспирант.

Санкт-Петербург

Anna M. Nifontova — postgraduate student.

Saint Petersburg

https://orcid.org/0000-0003-3643-7354ЛиозновД. А.LioznovD, A.

Лиознов Дмитрий Анатольевич — д. м. н., профессор, директор ФГБУ «НИИ гриппа им. А. А. Смородинцева» Минздрава России; заведующий кафедрой инфекционных болезней и эпидемиологии ФГБОУ ВО ПСПбГМУ им. И. П. Павлова Минздрава России.

Санкт-Петербург

Dmitry A. Lioznov — D. Sc. in Medicine, Professor, Head of Smorodintsev Research Institute of Influenza; Head of the Department of Infectious Diseases and Epidemiology.

Saint Petersburg

Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечникова Минздрава РоссииРоссияNorth-Western State Medical University named after I.I. MechnikovRussian FederationИнститут экспериментальной медицины; Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечникова Минздрава РоссииРоссияInstitute of Experimental Medicine; North-Western State Medical University named after I.I. MechnikovRussian FederationСеверо-Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечникова Минздрава РоссииРоссияNorth-Western State Medical University named after I.I. Mechnikov; Saint-Petersburg State UniversityRussian FederationРоссийский научно-исследовательский институт гематологии и трансфузиологии ФМБА РоссииРоссияRussian Research Institute of Hematology and TransfusiologyRussian FederationФГБУ «НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева» Минздрава РоссииРоссияSmorodintsev Research Institute of InfluenzaRussian FederationФГБУ «НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева» Минздрава России; ФГБОУ ВО Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет им. И.П. Павлова Минздрава РоссииРоссияSmorodintsev Research Institute of Influenza; Pavlov First Saint Petersburg State Medical UniversityRussian Federation2024251220246911-125966Copyright © Асланов Б.И., Гончаров А.Е., Конев С.Д., Мохов А.С., Азаров Д.В., Лебедева Е.А., Кулешова А.В., Колоджиева В.В., Колосовская Е.Н., Нифонтова А.М., Лиознов Д.А., 20252025Асланов Б.И., Гончаров А.Е., Конев С.Д., Мохов А.С., Азаров Д.В., Лебедева Е.А., Кулешова А.В., Колоджиева В.В., Колосовская Е.Н., Нифонтова А.М., Лиознов Д.А.Aslanov B.I., Goncharov A.E., Konev S.D., Mochov A.S., Azarov D.A., Lebedeva E.А., Kuleshova A.V., Kolodzhieva V.V., Kolosovskaya E.N., Nifontova A.M., Lioznov D.A.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.antibiotics-chemotherapy.ru/jour/article/view/1206Актуальность

Актуальность. Суперинфекция, обусловленная Klebsiella pneumoniae, занимает лидирующие позиции в структуре бактериальных осложнений у больных COVID-19. Интенсивная циркуляция клебсиелл в условиях специализированных стационаров способствовала закреплению наиболее клинически и эпидемически значимых штаммов данного возбудителя, в частности представителей гипервирулентных и карбапенеморезистентных клональных линий, не теряющих актуальности и в постпандемический период. Применение бактериофагов в качестве лечебных и противоэпидемических средств представляется обоснованным с учётом широкого распространения мультиантибиотикорезистентных штаммов K. pneumoniae.

Цель исследования

Цель исследования. Оценка чувствительности штаммов K. pneumoniae, ассоциированных с нозокомиальными инфекциями у больных COVID-19, к поливалентным препаратам бактериофагов.

Материал и методы

Материал и методы. В исследование были включены 96 неповторяющихся штаммов K. pneumoniae, выделенных в период с мая 2020 г. по январь 2021 г. из клинического материала больных тяжёлыми и среднетяжёлыми формами COVID-19, поступивших в крупный стационар г. Санкт-Петербурга. Оценку чувствительности клинических штаммов к бактериофагам проводили методом споттеста. Для тестирования использовали коммерчески доступные препараты бактериофагов: пиобактериофаг поливалентный очищенный, секстафаг и пиобактериофаг клебсиелл поливалентный очищенный. Для выявления вероятных механизмов фагорезистентности госпитальных штаммов K. pneumoniae были изучены нуклеотидные последовательности генома 6 штаммов данного возбудителя, отнесённых к доминирующим в стационаре генетическим линиям ST3, ST39, ST307, ST395, ST874.

Результаты

Результаты. Отрицательные результаты спот-тестов наблюдали в 32,29% (95% ДИ=23,8–42,2) случаев. Доля пациентов, в отношении которых могла быть применена фаготерапия, составила 49% (95% ДИ=39,2–58,8). В структуре геномов изученных штаммов идентифицированы потенциально ассоциированные с резистентностью к бактериофагам CRISPR-Cas локусы 1 класса субтипов IV-A3 и I-E, а также ряд профаговых последовательностей.

Заключение

Заключение. В исследовании продемонстрирована невысокая активность поливалентных бактериофаговых препаратов в отношении штаммов K. pneumoniae, вызывающих нозокомиальные инфекции у больных COVID-19. Расширение возможностей фаготерапии клебсиеллёзных инфекций может быть реализовано за счёт увеличения разнообразия штаммов бактериофагов, активных в отношении эпидемически актуальных клонов K. pneumoniae. Рациональное применение, включающее данные бактериофаги, возможно в рамках персонализированной фаготерапии.

Background

Background. Superinfection caused by Klebsiella pneumoniae occupies a leading position in the structure of bacterial complications in COVID-19 patients. The intensive circulation of Klebsiella in specialised hospitals has contributed to the consolidation of the most clinically and epidemiologically important strains of this pathogen, in particular, representatives of hypervirulent and carbapenem-resistant clonal lines, which have not lost their relevance even in the post-pandemic period. The use of bacteriophages as therapeutic and anti-epidemic agents seems justified given the widespread use of multidrugresistant strains of K. pneumoniae.

Aim of the study

Aim of the study. To evaluate the susceptibility of K. pneumoniae strains associated with nosocomial infections in patients with COVID-19 to polyvalent bacteriophage medications.

Materials and methods

Materials and methods. The study included 96 non-repeating K. pneumoniae strains isolated from clinical material of patients admitted to a major hospital in St. Petersburg with severe and moderate forms of COVID-19 from May 2020 to January 2021. The susceptibility of clinical strains to bacteriophages was assessed using the spot test analysis. Commercially available bacteriophage preparations used for testing included the following: purified polyvalent pyobacteriophage, sextaphage, and purified polyvalent Klebsiella pyobacteriophage. In order to identify the probable mechanisms of resistance of hospital strains of K. pneumoniae, the nucleotide sequences of the genomes of 6 strains of this pathogen belonging to the dominant hospital genetic lines ST3, ST39, ST307, ST395, ST874 were studied.

Results

Results. Negative results of spot tests were observed in 32.29% (95% CI=23.8–42.2) of cases; in general, the proportion of patients eligible for treatment with phage therapy was 49% (95% CI=39.2–58.8). Loci of class 1 subtypes IV-A3 and I-E, potentially associated with resistance to CRISPR-Cas, were identified in the genome structure of the studied strains, as well as a number of prophage sequences potentially associated with resistance to bacteriophages.

Conclusion

Conclusion. The study demonstrated low activity of polyvalent bacteriophage medications against K. pneumoniae strains causing nosocomial infections in patients with COVID-19. Increasing the diversity of bacteriophage strains active against epidemiologically relevant K. pneumoniae clones can expand the possibilities of phage therapy for Klebsiella infections. The rational use of medications containing these bacteriophages is possible within the paradigm of personalised phage therapy.

Klebsiella pneumoniaeфаготерапияCOVID-19чувствительность к бактериофагамспот-тестKlebsiella pneumoniaephage therapyCOVID-19sensitivity to bacteriophagesspot testИсследование выполнено за счёт гранта Российского научного фонда № 24-1520022, https://rscf.ru/project/24-15-20022/ и за счёт гранта Санкт-Петербургского научного фонда № 24-15-20022ReferencesZhou F., Yu T., Du R., Fan G., Liu Y., Liu Z., Xiang J., Wang Y., Song B., Gu X., Guan L., Wei Y., Li H., Wu X., Xu J., Tu S., Zhang Y., Chen H., Cao B. Clinical course and risk factors for mortality of adult inpatients with COVID-19 in Wuhan, China: a retrospective cohort study. Lancet. 2020; 395 (10229): 1054–1062. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30566-3.Zhou F., Yu T., Du R., Fan G., Liu Y., Liu Z., Xiang J., Wang Y., Song B., Gu X., Guan L., Wei Y., Li H., Wu X., Xu J., Tu S., Zhang Y., Chen H., Cao B. Clinical course and risk factors for mortality of adult inpatients with COVID-19 in Wuhan, China: a retrospective cohort study. Lancet. 2020; 395 (10229): 1054–1062. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30566-3.Sang L., Xi Y., Lin Z., Pan Y., Song B., Li C. A. Zheng X., Zhong M., Jiang L., Pan C., Zhang W., Lv Z., Xia J., Chen N., Wu W., Xu Y., Chen S.,Sang L., Xi Y., Lin Z., Pan Y., Song B., Li C. A. Zheng X., Zhong M., Jiang L., Pan C., Zhang W., Lv Z., Xia J., Chen N., Wu W., Xu Y., Chen S., Liu D., Liang W., Liu X., Liu X., Li S., Zhong N., Ye D., Xu Y., Zhang N., Zhang D., Li Y. Secondary infection in severe and critical COVID-19 patients in China: a multicenter retrospective study. Annals of Palliative Medicine. 2021; 10 (8): 8557–8570. doi: 10.21037/apm-21-833.Гончаров А. Е., Зуева Л. П., Мохов А. С. и др. Распространение мультиантибиотикорезистентных возбудителей инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, в стационарах для лечения пациентов с COVID-19. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2021; 20 (2): 68–73. https://doi:10.31631/2073-3046-2021-20-2-68-73.Goncharov A.E., Zueva L.P., Mokhov A.S., Kolodzhieva V.V., Meltser A.A., Smirnova M.V., Khavlina T.V., Orishak E.A. Spread of multi-antibiotic-resistant health-care pathogens in hospitals to treat COVID-19 patients. Epidemiology and Vaccinal Prevention. 2021; 20 (2): 68–73. doi: https://doi.org/10.31631/2073-3046-2021-20-2-68-73. (in Russian)Mashigo B., Parker A., Lalla U., Allwood B. W. Moolla M. S. Lovelock T., Koegelenberg CFN. An outbreak within an outbreak: the impact of infection prevention and control strategies on hospital-acquired infections and the occurrence of multi-drug resistant organisms during the COVID-19 pandemic. S Afr Med J. 2023 Dec 4; 113 (12): 42. doi: 10.7196/SAMJ.2023.v113i12.97.Mashigo B., Parker A., Lalla U., Allwood B. W. Moolla M. S. Lovelock T., Koegelenberg CFN. An outbreak within an outbreak: the impact of infection prevention and control strategies on hospital-acquired infections and the occurrence of multi-drug resistant organisms during the COVID-19 pandemic. S Afr Med J. 2023 Dec 4; 113 (12): 42. doi: 10.7196/SAMJ.2023.v113i12.97.Loconsole D., Sallustio A., Sacco D., Santantonio M., Casulli D., Gatti D., Accogli M., Parisi A., Zagaria R., Colella V., Centrone F., Chironna M. Genomic surveillance of carbapenem-resistant Klebsiella pneumonia reveals a prolonged outbreak of extensively drug-resistant ST147 NDM1 during the COVID-19 pandemic in the Apulia region (Southern Italy). J Glob Antimicrob Resist. 2024 Mar; 36: 260–266. doi: 10.1016/j.jgar.2024.01.015.Loconsole D., Sallustio A., Sacco D., Santantonio M., Casulli D., Gatti D., Accogli M., Parisi A., Zagaria R., Colella V., Centrone F., Chironna M. Genomic surveillance of carbapenem-resistant Klebsiella pneumonia reveals a prolonged outbreak of extensively drug-resistant ST147 NDM1 during the COVID-19 pandemic in the Apulia region (Southern Italy). J Glob Antimicrob Resist. 2024 Mar; 36: 260–266. doi: 10.1016/j.jgar.2024.01.015.Sandfort M., Hans J. B. Fischer M. A. Reichert F., Cremanns M., Eisfeld J., Pfeifer Y., Heck A., Eckmanns T., Werner G., Gatermann S., Haller S., Pfennigwerth N. Increase in NDM-1 and NDM-1/OXA-48-producing Klebsiella pneumoniae in Germany associated with the war in Ukraine, 2022. Euro Surveill. 2022 Dec; 27 (50): 2200926. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2022.27.50.2200926.Sandfort M., Hans J. B. Fischer M. A. Reichert F., Cremanns M., Eisfeld J., Pfeifer Y., Heck A., Eckmanns T., Werner G., Gatermann S., Haller S., Pfennigwerth N. Increase in NDM-1 and NDM-1/OXA-48-producing Klebsiella pneumoniae in Germany associated with the war in Ukraine, 2022. Euro Surveill. 2022 Dec; 27 (50): 2200926. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2022.27.50.2200926.Самойлова А. А., Краева Л. А., Михайлов Н. В., Саитова А. Т., Полев Д. Е., Вашукова М. А., Гордеева С. А., Смирнова Е. В., Белятич Л. И., Долгова А. С., Шабалина А. В. Геномный анализ вирулентности и антибиотикорезистентности штаммов Klebsiella pneumoniae. Инфекция и иммунитет. 2024; 14 (2): 339–350. doi: https://doi.org/10.15789/2220-7619-GAO-15645.Samoilova A.A., Kraeva L.A., Mikhailov N.V., Saitova A.T., Polev D.E.,Vashukova M.A., Gordeeva S.A., Smirnova E.V., Beljatich L.I., Dolgova A.S., Shabalina A.V. Genomic analysis of Klebsiella pneumoniae strains virulence and antibiotic resistance. Russian Journal of Infection and Immunity = Infektsiya i Immunitet. 2024; 14 (2): 339–350 doi: https://doi.org/10.15789/2220-7619GAO-15645 (in Russian)]Mohammadi M., Saffari M., Siadat S. D. Hejazi S. H. Shayestehpour M., Motallebi M., Eidi M. Isolation, characterization, therapeutic potency, and genomic analysis of a novel bacteriophage vB_KshKPC-M against carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae strains (CRKP) isolated from Ventilator-associated pneumoniae (VAP) infection of COVID-19 patients. Ann Clin Microbiol Antimicrob. 2023 Feb 24; 22 (1): 18. doi: 10.1186/s12941-023-00567-1.Mohammadi M., Saffari M., Siadat S. D. Hejazi S. H. Shayestehpour M., Motallebi M., Eidi M. Isolation, characterization, therapeutic potency, and genomic analysis of a novel bacteriophage vB_KshKPC-M against carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae strains (CRKP) isolated from Ventilator-associated pneumoniae (VAP) infection of COVID-19 patients. Ann Clin Microbiol Antimicrob. 2023 Feb 24; 22 (1): 18. doi: 10.1186/s12941-023-00567-1.Рациональное применение бактериофагов в лечебной и противоэпидемической практике. Методические рекомендации. М.: 2022; 32. [Racional'noe primenenie bakteriofagov v lechebnoj i protivoepi-demicheskoj praktike. Metodicheskie rekomendacii. Moscow: 2022; 32. (in Russian)Рациональное применение бактериофагов в лечебной и противоэпидемической практике. Методические рекомендации. М.: 2022; 32. [Racional'noe primenenie bakteriofagov v lechebnoj i protivoepi-demicheskoj praktike. Metodicheskie rekomendacii. Moscow: 2022; 32. (in Russian)Гончаров А. Е., Зуева Л. П., Мохов А. С., Колоджиева В. В., Мельцер А. А., Смирнова М. В., Хавлина Т. В., Оришак Е. А. Распространение мультиантибиотикорезистентных возбудителей инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, в стационарах для лечения пациентов с COVID-19. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2021; 20 (2): 68–73. doi: https://doi.org/10.31631/2073-3046-2021-20-2-68-73.Goncharov A. E., Zueva L. P., Mokhov A. S., Kolodzhieva V. V., Meltser A. A., Smirnova M. V., Khavlina T. V., Orishak E. A. Spread of Multi-Antibiotic-Resistant health-care pathogens in hospitals to treat COVID-19 patients. Epidemiology and Vaccinal Prevention. 2021; 20 (2): 68–73. doi: https://doi.org/10.31631/2073-3046-2021-20-2-68-73. (in Russian)Гончаров А. Е., Азаров Д. В., Мохов А. С., Почтовый А. А., Кустова Д. Д., Гущин В. А., Лебедева Е. А., Колоджиева В. В., Киреева А. Г., Краева Л. А., Долинный С. В., Бургасова О. А., Гончарова А. Р., Белькова Е. И., Дмитриев А. В. Характеристика гипервирулентных мультиантибиотикорезистентных штаммов Klebsiella pneumoniae у стационарных пациентов с тяжёлым течением COVID-19. Инфекционные болезни. 2022; 20 (2): 33–40. doi: https://doi.org/10.20953/1729-92252022-2-33-40.Goncharov A. E., Azarov D. V., Mokhov A. S., Pochtovyi A. A., Kustova D. D., Gushchin V. A., Lebedeva E. A., Kolodzhieva V. V., Kireeva A. G., Kraeva L. A., Dolinny S. V., Burgasova O. A., Goncharova A. R., Belkova E. I., Dmitriev A. V. Characteristics of hypervirulent multidrug resistant Klebsiella pneumoniae strains in inpatients with severe COVID-19. Infekc Bolezni (Infectious Diseases). 2022; 20 (2): 33–40. doi: https://doi.org/10.20953/1729-9225-2022-2-33-40. (in Russian)Russel J., Pinilla-Redondo R., Mayo-Muñoz D., Shah S. A., Sørensen S. J. CRISPRCasTyper: automated identification, annotation, and classification of CRISPR-Cas Loci. CRISPR J. 2020 Dec; 3 (6): 462–469. doi: 10.1089/crispr.2020.0059.Russel J., Pinilla-Redondo R., Mayo-Muñoz D., Shah S. A., Sørensen S. J. CRISPRCasTyper: automated identification, annotation, and classification of CRISPR-Cas Loci. CRISPR J. 2020 Dec; 3 (6): 462–469. doi: 10.1089/crispr.2020.0059.Shang J., Tang X., Guo R., Sun Y. Accurate identification of bacteriophages from metagenomic data using Transformer. Brief Bioinform. 2022 Jul 18; 23 (4): bbac258. doi: 10.1093/bib/bbac258.Shang J., Tang X., Guo R., Sun Y. Accurate identification of bacteriophages from metagenomic data using Transformer. Brief Bioinform. 2022 Jul 18; 23 (4): bbac258. doi: 10.1093/bib/bbac258.Shang J., Tang X., Sun Y. PhaTYP: predicting the lifestyle for bacteriophages using BERT. Brief Bioinform. 2023 Jan 19; 24 (1): bbac487. doi: 10.1093/bib/bbac487.Shang J., Tang X., Sun Y. PhaTYP: predicting the lifestyle for bacteriophages using BERT. Brief Bioinform. 2023 Jan 19; 24 (1): bbac487. doi: 10.1093/bib/bbac487.Зуева Л. П., Асланов Б. И., Акимкин В. Г. Современный взгляд на роль бактериофагов в эволюции госпитальных штаммов и профилактике инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2014; 3: 100–107.Zueva L. P. Aslanov B. I., Akimkin V. G. Contemporary view on the role of bacteriophages in evolution of nosocomial strains and prophylaxis of healthcare associated infections. Zh Mikrobiol Epidemiol Immunobiol. 2014 May-Jun; (3): 100–107. (in Russian)Villarroel J., Larsen M. V. Kilstrup M., Nielsen M. Metagenomic Analysis of Therapeutic PYO Phage Cocktails from 1997 to 2014. Viruses. 2017 Nov 3; 9 (11): 328. doi: 10.3390/v9110328.Villarroel J., Larsen M. V. Kilstrup M., Nielsen M. Metagenomic Analysis of Therapeutic PYO Phage Cocktails from 1997 to 2014. Viruses. 2017 Nov 3; 9 (11): 328. doi: 10.3390/v9110328.Баязитова Л. Т., Тюпкина О. Ф., Чазова Т. А., Родионова М. С., Анамов Р. И., Попцов О. И., Валиуллина И. Р., Насыбуллова З. З. Оценка литической активности бактериофагов в отношении Klebsiella pneumoniae, выделенных от детей с пневмококковым носительством. Практическая медицина. 2023; 21 (5): 80–85.Bayazitova L. T., Tyupkina O. F., CHazova T. A., Rodionova M. S., Anamov R. I., Popcov O. I., Valiullina I. R., Nasybullova Z. Z. Ocenka liticheskoj aktivnosti bakteriofagov v otnoshenii Klebsiella pneumoniae, vydelennyh ot detej s pnevmokokkovym nositel'stvom. Prakticheskaya Medicina. 2023; 21 (5): 80–85. (in Russian)Козлова А. И., Тапальский Д. В. Чувствительность к антибиотикам и бактериофагам клинических изолятов Klebsiella pneumoniae с классическим и гипермукоидным фенотипами. Военная медицина. 2019; 1 (50): 44–48.Kozlova A. I., Tapal'skij D.V. Chuvstvitel'nost' k antibiotikam i bakteriofagam klinicheskih izolyatov Klebsiella pneumoniae s klassicheskim i gipermukoidnym fenotipami. Voennaya Medicina. 2019; 1 (50): 44–48. (in Russian)Makarova K. S. Zhang F., Koonin E. V. SnapShot: Class 1 CRISPR-Cas Systems. Cell. 2017 Feb 23; 168 (5): 946–946.e1. doi: 10.1016/j.cell.2017.02.018.Makarova K. S. Zhang F., Koonin E. V. SnapShot: Class 1 CRISPR-Cas Systems. Cell. 2017 Feb 23; 168 (5): 946–946.e1. doi: 10.1016/j.cell.2017.02.018.Xue C., Sashital D. G. Mechanisms of type I-E and I-F CRISPR-Cas systems in Enterobacteriaceae. EcoSal Plus. 2019 Feb; 8 (2): 10.1128/ecosalplus.ESP-0008-2018. doi: 10.1128/ecosalplus.ESP-0008-2018.Xue C., Sashital D. G. Mechanisms of type I-E and I-F CRISPR-Cas systems in Enterobacteriaceae. EcoSal Plus. 2019 Feb; 8 (2): 10.1128/ecosalplus.ESP-0008-2018. doi: 10.1128/ecosalplus.ESP-0008-2018.Benz F., Camara-Wilpert S., Russel J., Wandera K. G. Čepaitė R., Ares-Arroyo M., Gomes-Filho J. V. Englert F., Kuehn J. A. Gloor S., Mestre M. R. Cuénod A., Aguilà-Sans M., Maccario L., Egli A., Randau L., Pausch P., Rocha EPC, Beisel C. L. Madsen J. S. Bikard D., Hall A. R. Sørensen S. J. Pinilla-Redondo R. Type IV-A3 CRISPR-Cas systems drive inter-plasmid conflicts by acquiring spacers in trans. Cell Host Microbe. 2024 Jun 12; 32 (6): 875–886.e9. doi: 10.1016/j.chom.2024.04.016.Benz F., Camara-Wilpert S., Russel J., Wandera K. G. Čepaitė R., Ares-Arroyo M., Gomes-Filho J. V. Englert F., Kuehn J. A. Gloor S., Mestre M. R. Cuénod A., Aguilà-Sans M., Maccario L., Egli A., Randau L., Pausch P., Rocha EPC, Beisel C. L. Madsen J. S. Bikard D., Hall A. R. Sørensen S. J. Pinilla-Redondo R. Type IV-A3 CRISPR-Cas systems drive inter-plasmid conflicts by acquiring spacers in trans. Cell Host Microbe. 2024 Jun 12; 32 (6): 875–886.e9. doi: 10.1016/j.chom.2024.04.016.Wang J., Feng Y., Zong Z. The Origins of ST11 KL64 Klebsiella pneumoniae: a Genome-Based Study. Microbiol Spectr. 2023 Mar 27; 11 (2): e0416522. doi: 10.1128/spectrum.04165-22.Wang J., Feng Y., Zong Z. The Origins of ST11 KL64 Klebsiella pneumoniae: a Genome-Based Study. Microbiol Spectr. 2023 Mar 27; 11 (2): e0416522. doi: 10.1128/spectrum.04165-22.Hu F., Pan Y., Li H., Han R., Liu X., Ma R., Wu Y., Lun H., Qin X., Li J., Wang A., Zhou M., Liu B., Zhou Z., He P. Carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae capsular types, antibiotic resistance and virulence factors in China: a longitudinal, multi-centre study. Nat Microbiol. 2024 Mar; 9 (3): 814–829. doi: 10.1038/s41564-024-01612-1.Hu F., Pan Y., Li H., Han R., Liu X., Ma R., Wu Y., Lun H., Qin X., Li J., Wang A., Zhou M., Liu B., Zhou Z., He P. Carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae capsular types, antibiotic resistance and virulence factors in China: a longitudinal, multi-centre study. Nat Microbiol. 2024 Mar; 9 (3): 814–829. doi: 10.1038/s41564-024-01612-1.Eckstein S., Stender J., Mzoughi S., Vogele K., Kühn J., Friese D., Bugert C., Handrick S., Ferjani M., Wölfel R., Millard A., Ben Moussa M., Bugert J. J. Isolation and characterization of lytic phage TUN1 specific for Klebsiella pneumoniae K64 clinical isolates from Tunisia. BMC Microbiol. 2021 Jun 21; 21 (1): 186. doi: 10.1186/s12866-021-02251-w.Eckstein S., Stender J., Mzoughi S., Vogele K., Kühn J., Friese D., Bugert C., Handrick S., Ferjani M., Wölfel R., Millard A., Ben Moussa M., Bugert J. J. Isolation and characterization of lytic phage TUN1 specific for Klebsiella pneumoniae K64 clinical isolates from Tunisia. BMC Microbiol. 2021 Jun 21; 21 (1): 186. doi: 10.1186/s12866-021-02251-w.Hallal Ferreira Raro O., Nordmann P., Dominguez Pino M., Findlay J., Poirel L. Emergence of carbapenemase-producing hypervirulent Klebsiella pneumoniae in Switzerland. Antimicrob Agents Chemother. 2023 Mar 16; 67 (3): e0142422. doi: 10.1128/aac.01424-22.Hallal Ferreira Raro O., Nordmann P., Dominguez Pino M., Findlay J., Poirel L. Emergence of carbapenemase-producing hypervirulent Klebsiella pneumoniae in Switzerland. Antimicrob Agents Chemother. 2023 Mar 16; 67 (3): e0142422. doi: 10.1128/aac.01424-22.Chen H., Liu H., Gong Y., Dunstan R. A. Ma Z., Zhou C., Zhao D., Tang M., Lithgow T., Zhou T. A Klebsiella-phage cocktail to broaden the host range and delay bacteriophage resistance both in vitro and in vivo. NPJ Biofilms Microbiomes. 2024 Nov 14; 10 (1): 127. doi: 10.1038/s41522-024-00603-8.Chen H., Liu H., Gong Y., Dunstan R. A. Ma Z., Zhou C., Zhao D., Tang M., Lithgow T., Zhou T. A Klebsiella-phage cocktail to broaden the host range and delay bacteriophage resistance both in vitro and in vivo. NPJ Biofilms Microbiomes. 2024 Nov 14; 10 (1): 127. doi: 10.1038/s41522-024-00603-8.Chen H., Liu H., Gong Y., Dunstan R. A. Ma Z., Zhou C., Zhao D., Tang M., Lithgow T., Zhou T. A Klebsiella-phage cocktail to broaden the host range and delay bacteriophage resistance both in vitro and in vivo. NPJ Biofilms Microbiomes. 2024 Nov 14; 10 (1): 127. doi: 10.1038/s41522-024-00603-8.Chen H., Liu H., Gong Y., Dunstan R. A. Ma Z., Zhou C., Zhao D., Tang M., Lithgow T., Zhou T. A Klebsiella-phage cocktail to broaden the host range and delay bacteriophage resistance both in vitro and in vivo. NPJ Biofilms Microbiomes. 2024 Nov 14; 10 (1): 127. doi: 10.1038/s41522-024-00603-8.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.