antibioticsАнтибиотики и ХимиотерапияAntibiot Khimioter = Antibiotics and Chemotherapy0235-2990ООО «Издательство ОКИ»10.37489/0235-2990-2021-66-1-2-26-32antibiotics-790Research ArticleКЛИНИЧЕСКИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ И ПРАКТИКАGUIDELINES FOR PRACTITIONERSВнебольничные пневмонии бактериальной этиологии и спектр чувствительности возбудителей к антибиотикам у коронапозитивных и коронанегативных больных г. Ростова-на-ДонуCommunity-Acquired Pneumonia of Bacterial Etiology and the Spectrum of Pathogen Sensitivity to Antibiotics in Corona-Positive and Corona-Negative Patients in Rostov-on-DonПавловичН. В.PavlovichN. V.

Павлович Наталья Владимировна — д. м. н., главный научный сотрудник, и. о. заведующей лабораторией туляремии 

Ростов-на-Дону

Natalia V. Pavlovich — D.Sc. in medicine, Chief Researcher

 Rostov-on-Don

ЦимбалистоваМ. В.TsymbalistovaМ. V.

Цимбалистова Марина Викторовна — к. м. н., старший научный сотрудник лаборатории туляремии

 Ростов-на-Дону

Marina V. Tsymbalistova — Ph.D. in medicine, Senior Researcher

 Rostov-on-Don

АроноваН. В.AronovaN. V.

Аронова Надежда Валентиновна — к. б. н., старший научный сотрудник лаборатории туляремии

Ростов-на-Дону

Nadezhda V. Aronova— Ph.D. in biology, Senior Researcher

 Rostov-on-Don

АнисимоваА. С.AnisimovaA. S.

Анисимова Анастасия Сергеевна — младший научный сотрудник лаборатории туляремии

Ростов-на-Дону

Anastasia S. Anisimova — Junior Researcher

 Rostov-on-Don

ВодопьяновС. О.VodopyanovS. О.

Водопьянов Сергей Олегович — д. м. н., главный научный сотрудник, и.  о. заведующего лабораторией биохимии

Ростов-на-Дону

Sergey O. Vodopyanov — D.Sc. in medicine, Chief Researcher

 Rostov-on-Don

 

 

ВодопьяновА. С.VodopyanovА. S.

Водопьянов Алексей Сергеевич — к. м. н., старший научный сотрудник лаборатории диагностики ООИ

Ростов-на-Дону

Alexey S. Vodopyanov — Ph.D. in medicine, Senior Researcher

 Rostov-on-Don

ГудуеваЕ. Н.GuduevaE. N.

Гудуева Елена Николаевна — младший научный сотрудник музея живых культур с центром патогенных вибрионов

Ростов-на-Дону

Elena N. Gudueva — Junior Researcher

 Rostov-on-Don

СагакянцМ. М.SagakyantsМ. М.

Сагакянц Маргарита Мардиросовна — научный сотрудник музея живых культур с центром патогенных вибрионов

Ростов-на-Дону

Margarita M. Sagakyants — Researcher

 Rostov-on-Don

КовалевЕ. В.KovalevЕ. V.

Ковалев Евгений Владимирович — руководитель

 Ростов-на-Дону

Evgeny V. Kovalev — Head

Rostov-on-Don

НосковА. К.NoskovA. К.

Носков Алексей Кимович — директор

Ростов-на-Дону

Alexsey K. Noskov — Director

Rostov-on-Don

ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт РоспотребнадзораРоссияRostov-on-Don Plague Control Research InstituteRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Ростовской областиРоссияRospotrebnadzor Administration for the Rostov RegionRussian Federation202105052021661-22632Copyright © Павлович Н.В., Цимбалистова М.В., Аронова Н.В., Анисимова А.С., Водопьянов С.О., Водопьянов А.С., Гудуева Е.Н., Сагакянц М.М., Ковалев Е.В., Носков А.К., 20212021Павлович Н.В., Цимбалистова М.В., Аронова Н.В., Анисимова А.С., Водопьянов С.О., Водопьянов А.С., Гудуева Е.Н., Сагакянц М.М., Ковалев Е.В., Носков А.К.Pavlovich N.V., Tsymbalistova М.V., Aronova N.V., Anisimova A.S., Vodopyanov S.О., Vodopyanov А.S., Gudueva E.N., Sagakyants М.М., Kovalev Е.V., Noskov A.К.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.antibiotics-chemotherapy.ru/jour/article/view/790Актуальность

Актуальность. В условиях продолжающейся пандемии коронавирусной инфекции на фоне снижения иммунного статуса организма течение вирусной пневмонии достаточно часто осложняется присоединением бактериальной микрофлоры. Возбудители такой коинфекции могут проявлять множественную лекарственную резистентность, что существенно снижает эффективность этиотропной терапии. В этой связи целесообразным представляется микробиологическое сопровождение пациентов с целью выбора наиболее оптимальных схем лечения. 

Цель

Цель. Изучение видового состава бактериальных возбудителей внебольничных пневмоний (ВП) у коронапозитивных (Covid-19+) и коронанегативных (Covid-19–) пациентов и определение спектра их чувствительности/устойчивости к антибактериальным препаратам. 

Материал и методы

Материал и методы. Исследован видовой состав микроорганизмов образцов мокроты от 723 пациентов с ВП, поступивших из ЛПО г. Ростова-на-Дону в августе и декабре 2020 года. Идентификацию выделенных культур проводили с помощью бактериологического и масс-спектрометрического методов. Чувствительность бактерий к антибиотикам определяли диско-диффузионным методом. 

Результаты

Результаты. Показано, что в августе в спектре возбудителей ВП превалировали пневмококки и стафилококки, тогда как в декабре вырос процент выделений Acinetobacter spp. и S.haemolyticus. Обнаружена высокая степень изоляции различных видов дрожжей р. Candida, причём у Cov+ больных выявлена тенденция к большей обсеменённости (I104 м.кл./мл). Некоторые возбудители (A.baumannii, S.haemolyticus, P.aeruginosa, S.maltophilia) характеризуются полиантибиотикорезистентностью, а отдельные штаммы этих видов — панрезистентностью ко всем группам антибиотиков. 

Заключение

Заключение. Полученные данные демонстрируют, что тяжёлые формы внебольничной пневмонии могут быть обусловлены вирусо-бактериальными и вирусо-бактериально-дрожжевыми ассоциациями возбудителей, включая бактерии с узким спектром чувствительности к антибактериальным препаратам. 

Relevance

Relevance. In the context of the ongoing pandemic of coronavirus infection, the course of viral pneumonia is often complicated by the addition of bacterial microflora due to a decrease in the body's immune status. The causative agents of such a co-infection can exhibit multiple drug resistance, which significantly reduces the effectiveness of etiotropic therapy. In this regard, it seems expedient to provide microbiological support to patients in order to select the most optimal treatment regimens. 

Aim

Aim. To study the composition of bacterial pathogens’ species, that cause community-acquired pneumonia (CAP) in corona-positive (COVID-19+) and corona-negative (COVID-19–) patients and to determine the spectrum of their sensitivity/resistance to antibacterial drugs. 

Material and methods

Material and methods. The species composition of microorganisms in sputum samples from 723 patients with CAP, who were admitted from the healthcare facility in Rostov-on-Don in August and December 2020 were studied. The isolated cultures were identified using bacteriological and mass spectrometric methods. The sensitivity of bacteria to antibiotics was determined by the disk diffusion method. 

Results

Results. It was shown that in August pneumococci and  staphylococci prevailed in the spectrum of CAP pathogens, while in December the percentage of excretions of Acinetobacter spp. and S. haemolyticus increased. Various types of p. Candida yeast were found with a high degree of isolation, COVID-19 + patients showed a tendency towards greater contamination (I104 mcl/ml). Some pathogens (A.baumannii, S.haemolyticus, P.aeruginosa, S.maltophilia) are characterized by polydrug resistance, and some strains of these species are pan-resistant to all groups of antibiotics. 

Conclusion

Conclusion. The data obtained demonstrate that severe forms of community-acquired pneumonia can be caused by viral-bacterial and viral-bacterial-yeast combinations of pathogens, including bacteria with a narrow spectrum of sensitivity to antibacterial drugs. 

внебольничная пневмониямокротабактериальная микрофлораантибиотикочувствительностькоронапозитивные (Covid-19+)коронанегативные (Covid-19-) пациеныcommunity-acquired pneumoniasputumbacterial microfloraantibiotic sensitivitycorona-positive (COVID 19+)corona-negative (COVID-19–) patientsReferencesЗайцев А.А., Синопальников А.И. «Трудная» пневмония. М.: 2020.Zaitsev A.A., Sinopal'nikov A.I. «Trudnaya» pnevmoniya. Moscow: 2020. (in Russian)Голубкова А.А., Платонова Т.А., Скляр М.С., Воробьев А.В., Макарочкина Н.Г., Карбовничая Е.А. и др. Структурный анализ заболеваемости COVID-19 персонала крупного многопрофильного медицин ского центра. Сборник тезисов VIII Конгресса с международным участием «Контроль и профилактика инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи (ИСМП-2020)»; Ноябрь 25–27, 2020; Москва. Под ред. академика РАН В.Г.Акимкина. М.: ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, 2020. — С. 29–30.Golubkova A.A., Platonova T.A., Sklyar M.S., Vorob'ev A.V., Makarochkina N.G., Karbovnichaya E.A. et al. Strukturnyi analiz zabolevaemosti COVID-19 personala krupnogo mnogoprofil'nogo meditsinskogo tsentra. Sbornik tezisov VIII Kongressa s mezhdunarodnym uchastiem «Kontrol' i profilaktika infektsii, svyazannykh s okazaniem meditsinskoi pomoshchi (ISMP-2020)»; Noyabr' 25–27, 2020; Moscow. Pod red. akademika RAN V.G.Akimkina. Moscow: FBUN TsNII Epidemiologii Rospotrebnadzora, 2020; 29–30. (in Russian)Tay M.Z., Poh C.M., Rénia L., MacAry P.A., Ng L.F.P. The trinity of COVID 19: immunity, inflammation and intervention. Nat Rev Immunol. 2020; 20: 363–374. doi: 10.1038/s41577-020-0311-8Tay M.Z., Poh C.M., Rénia L., MacAry P.A., Ng L.F.P. The trinity of COVID 19: immunity, inflammation and intervention. Nat Rev Immunol. 2020; 20: 363–374. doi: 10.1038/s41577-020-0311-8Chen N., Zhou M., Dong X., Qu J, Gong F., Han Y. et al. Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study. Lancet. 2020; 395: 507–513. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30211-7Chen N., Zhou M., Dong X., Qu J, Gong F., Han Y. et al. Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneu monia in Wuhan, China: a descriptive study. Lancet. 2020; 395: 507–513. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30211-7Arastehfar A., Carvalho A., van de Veerdonk F.L., Jerey D. Jenks, Koehler P., Krause R. et al. COVID-19 Associated Pulmonary Aspergillosis (CAPA) — from immunology to treatment. J Fungi. 2020; 6 (2): 91. doi: 10.3390/jof6020091Arastehfar A., Carvalho A., van de Veerdonk F.L., Jerey D. Jenks, Koehler P., Krause R. et al. COVID-19 Associated Pulmonary Aspergillosis (CAPA) — from immunology to treatment. J Fungi. 2020; 6 (2): 91. doi: 10.3390/jof6020091Chatterjee M., Anju C.P., Biswas L., Kumar V.A., Mohan C.G., Biswas R. Antibiotic resistance in Pseudomonas aeruginosa and alternative therapeutic options. Int J Med Microbiol. 2016; 306 (1): 48–58. doi: 10.1016/j.ijmm.2015.11.004Chatterjee M., Anju C.P., Biswas L., Kumar V.A., Mohan C.G., Biswas R. Antibiotic resistance in Pseudomonas aeruginosa and alternative therapeutic options. Int J Med Microbiol. 2016; 306 (1): 48–58. doi: 10.1016/j.ijmm.2015.11.004Бондаренко А.П., Шмыленко В.А., Троценко О.Е., Котова В.О., Бутакова Л.В., Базыкина Е.А. Характеристика бактериальной микрофлоры, выделенной из проб мокроты больных пневмонией в Хабаровске и Хабаровском крае в начальный период пандемии Covid-19 (май–июнь 2020 г.). Проблемы ООИ. 2020; 3: 43–49. doi: 10.21055/0370- 1069-2020-3-43-49.Bondarenko A.P., Shmylenko V.A., Trotsenko O.E., Kotova V.O., Butakova L.V., Bazykina E.A. Characteristics of Bacterial Microflora Isolated from Sputum of Patients with Pneumonia Registered in Khabarovsk City and Khabarovsk Territory in the Initial Period of COVID-19 Pandemic in May–June, 2020. Problems of Particularly Dangerous Infections. 2020; 3: 43–49. doi: 10.21055/0370-1069-2020-3-43-49 (in Russian)Попова А.Ю., Ежлова Е.Б., Демина Ю.В., Носков А.К., Ковалев Е.В., Чемисова О.С. и др. Особенности этиологии внебольничных пневмоний, ассоциированных с COVID-19. Проблемы ООИ. 2020; 4: 99–105. doi: 10.21055/0370-1069-2020-4-99-105.Popova A.Y., Ezhlova E.B., Demina Y.V., Noskov A.K., Kovalev E.V., Chemisova O.S. et al. Features of Etiology of Community-Acquired Pneumonia Associated with COVID 19. Problems of Particularly Dangerous Infections. 2020; 4: 99–105. doi: 10.21055/0370-1069-2020-4-99-105 (in Russian)Aitken S.L., Clancy C.J. Guidance on the treatment of antimicrobial re sistant gram-negative infections. Contagion. 2020; 5 (6): 22–23.Aitken S.L., Clancy C.J. Guidance on the treatment of antimicrobial resistant gram-negative infections. Contagion. 2020; 5 (6): 22–23.Lee C-R., Cho H., Jeong B.C., Lee C.H. Strategies to minimize antibiotic resistance. Int J Environ Res Public Health. 2013; 10 (9): 4274–4305. doi: 10.3390/ijerph10094274Lee C-R., Cho H., Jeong B.C., Lee C.H. Strategies to minimize antibiotic resistance. Int J Environ Res Public Health. 2013; 10 (9): 4274–4305. doi: 10.3390/ijerph10094274Зайцев А.А. Внебольничная пневмония: возможности диагностики, лечения и вакцинопрофилактики в условиях пандемии COVID-19. Практическая пульмонология. 2020; 1: 14–21.Zaitsev A.A. Vnebol- 'nichnaya pnevmoniya: vozmozhnosti diagnostiki, lecheniya i vaktsinoprofilaktiki v usloviyakh pandemii COVID-19. Prakticheskaya Pul'monologiya. 2020; 1: 14–21. (in Russian)Sattar S.B.A., Sharma S. Bacterial Pneumonia. 2020. In: StatPearls [Internet]. Treasure Island (FL): StatPearls Publishing; 2020. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK513321/Sattar S.B.A., Sharma S. Bacterial Pneumonia. 2020. In: StatPearls [Internet]. Treasure Island (FL): StatPearls Publishing; 2020. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK513321/Лабораторная диагностика внебольничных пневмоний: Методические указания МУК 4.2.3115-13. М.: 2013.Laboratornaya diagnos tika vnebol'nichnykh pnevmonii: Metodicheskie ukazaniya MUK  4.2.3115-13. Moscow: 2013. (in Russian)Лабораторная диагностика внебольничной пневмонии пневмококковой этиологии: Методические рекомендации МР 4.2.0114-16. М.: 2016.Laboratornaya diagnostika vnebol'nichnoi pnevmonii pnevmokokkovoi etiologii: Metodicheskie rekomendatsii MR 4.2.0114-16. Moscow: 2016. (in Russian)Клинические рекомендации МЗ РФ. Кистозный фиброз (муковисцидоз): микробиологическая диагностика хронической респираторной инфекции, 2018.Klinicheskie rekomendatsii MZ RF. Kistoznyi fibroz (mukovistsidoz): mikrobiologicheskaya diagnostika khronicheskoi respiratornoi infektsii, 2018. (in Russian)Нозокомиальная пневмония у взрослых: Российские национальные рекомендации. Под ред. Б.Р. Гельфанда; отв. ред. Д.Н. Проценко, Б.З. Белоцерковский. 2-е изд., перераб. и доп. М.: ООО «Из дательство «Медицинское информационное агентство», 2016.Nozokomial'naya pnevmoniya u vzroslykh: Rossiiskie natsional'nye rekomendatsii. Pod red. B.R. Gel'fanda; otv. red. D.N. Protsenko, B.Z. Belotserkovskii. 2 izd., pererab. i dop. Moscow: OOO «Izdatel'stvo «Meditsinskoe informatsionnoe agentstvo», 2016. (in Russian)Мороз А.Ф., Снегирёва А.Е. Грибы рода Candida (Методы выделения, идентификации на видовом уровне и определение чувствительности к противогрибковым препаратам). Методические рекомендации. М.: НИИЭМ им. Н. Ф. Гамалеи РАМН, 2009.Moroz A.F., Snegireva A.E. Griby roda Candida (Metody vydeleniya, identifikatsii na vidovom urovne i opredelenie chuvstvitel'nosti k protivogribkovym preparatam). Metodicheskie rekomendatsii. Moscow: NIIEM im. N. F. Gamalei RAMN, 2009. (in Russian)Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам: Методические указания МУК 4.2.1890-04. М.: 2004.Opredelenie chuvstvitel'nosti mikroorganizmov k antibakterial'nym preparatam: Metodicheskie ukazaniya MUK 4.2.1890-04. Moscow: 2004. (in Russian)

The authors declare that there are no conflicts of interest present.