Антимикробная резистентность энтерококков

Актуальность. Enterococcus spp. — условно-патогенные возбудители внебольничных и госпитальных инфекций, которые в последние годы расценивают как угрозу общественному здоровью в связи с их антимикробной резистентностью, в первую очередь к гликопептидам.

Цель. Определение распространенности различных видов энтерококков — возбудителей инфекций у госпитализированных пациентов и их резистентности к антибактериальным препаратам.

Методы исследования включали в себя определение видовой принадлежности энтерококков методом MALDI-TOF масс-спектрометрии и определение их чувствительности к антибактериальным препаратам в соответствии с рекомендациями EUCAST или, при их отсутствии, CLSI.

Результаты. Определили видовой состав и антимикробную резистентность 1562 последовательных штаммов, выделенных у госпитализированных пациентов в крупном медицинском центре, аккумулирующем пациентов из различных регионов Российской Федерации в 2019 г. Выявили преобладание видов E.faecalis и E.faecium (99,5%), частота выделения первого на 56% превышала частоту выделения последнего. Е.аvium, Е.casseliflavus, E.gallinarum, E.durans изолировали из 0,5% биологических проб. Наибольший уровень резистентности энтерококков наблюдали к эритромицину (84,8%), тетрациклину (75,0%) и рифампицину (68,2%). Мультирезистентность и резистентность к ванкомицинy были характерны преимущественно для E.faecium. Все выделенные из крови изоляты E.faecium были мультирезистентны. Устойчивость к ванкомицину у энтерококков, обусловивших развитие инфекций кровотока, наблюдали исключительно у 19,5% E.faecium, все ванкомицинорезистентные изоляты были устойчивы к тейкопланину. Резистентность к линезолиду выявили у 2 внебольничных штаммов E.faecalis (0,1%). Редкие виды энтерококков демонстрировали разнообразные паттерны антимикробной резистентности.

Заключение. Среди энтерококков — возбудителей инфекций у госпитализированных пациентов превалируют виды E.faecalis и E.faecium. Мультирезистентность и устойчивость к ванкомицину характерны преимущественно для E.faecium, особенно для штаммов — возбудителей инфекций кровотока. Необходимо проведение дальнейшего мониторинга распространения различных видов энтерококков в госпитальных и внебольничных условиях с определением их видовой принадлежности и антимикробной резистентности валидными методами.

1. Zaheer R., Cook S.R., Barbieri R., Goji N., Cameron A., Petkau A. et al. Author Correction: Surveillance of Enterococcus spp. reveals distinct species and antimicrobial resistance diversity across a One-Health continuum. Sci Rep. 2020; 10 (1): 13401. doi: 10.1038/s41598-020-69044-5.

2. Hollenbeck B.L., Rice L.B. Intrinsic and acquired resistance mechanisms in enterococcus. Virulence. 2012; 3 (5): 421–433. doi: 10.4161/viru.21282.

3. Farman M., Yasir M., Al-Hindi R.R., Farraj S.A., Jiman-Fatani A.A., Alawi M. et al. Genomic analysis of multidrug-resistant clinical Enterococcus faecalis isolates for antimicrobial resistance genes and virulence factors from the western region of Saudi Arabia. Antimicrob Resist Infect Control. 2019; 8: 55. doi: 10.1186/s13756-019-0508-4.

4. Suppli M., Aabenhus R., Harboe Z.B., Andersen L.P., Tvede M., Jensen J.U. Mortality in enterococcal bloodstream infections increases with inappropriate antimicrobial therapy. Clin Microbiol Infect. 2011; 17 (7):1078–1083. doi: 10.1111/j.1469-0691.2010.03394.x.

5. Billington E.O., Phang S.H., Gregson D.B., Pitout J.D., Ross T., Church D.L. et al. Incidence, risk factors, and outcomes for Enterococcus spp. blood stream infections: a population-based study. Int J Infect Dis. 2014; 26:76–82. doi: 10.1016/j.ijid.2014.02.012.

6. The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing. Breakpoint tables for interpretation of MICs and zone diameters, version 9.0, 2019. Availabe at: https://www.eucast.org/ast_of_bacteria/previous_versions_of_documents/. Accessed September 17, 2021.

7. CLSI Performance Standards For Antimicrobial Susceptibility Testing. 29th Ed. CLSI guideline M100. Wayne, PA: Clinical and Laboratory Standards Institute; 2019.

8. Goh H.M.S., Yong M.H.A., Chong K.K.L., Kline K.A. Model systems for the study of Enterococcal colonization and infection. Virulence. 2017 Nov 17; 8 (8): 1525–1562. doi: 10.1080/21505594.2017.1279766.

9. CDC. Antibiotic Resistance Threats in the United States Atlanta, GA: U.S. Department of Health and Human Services, CDC; 2019 http://dx.doi.org/10.15620/cdc:82532.

10. European Centre for Disease Prevention and Control. Antimicrobial resistance in the EU/EEA (EARS-Net) — Annual Epidemiological Report 2019. Stockholm: ECDC; 2020.

11. WHO Global Priority List of Antibiotic-Resistant Bacteria to Guide Research, Discovery and Development of New аntibiotics. Available at: https://www.who.int/medicines/publications/WHO-PPL-Short_Summary_25Feb-ET_NM_WHO.pdf. Accessed September 17, 2021

12. Manero A., Blanch A.R. Identification of Enterococcus spp. with a biochemical key. Appl Environ Microbiol. 1999; 65 (10): 4425–4430. doi:10.1128/AEM.65.10.4425-4430.1999.

13. Angeletti S., Lorino G., Gherardi G., Battistoni F., De Cesaris M., Dicuonzo G. Routine molecular identification of enterococci by gene-specific PCR and 16S ribosomal DNA sequencing. J Clin Microbiol. 2001; 39 (2):794–797. doi:10.1128/JCM.39.2.794-797.2001.

14. Stępień-Pyśniak D., Hauschild T., Różański P., Marek A. MALDI-TOF Mass Spectrometry as a Useful Tool for Identification of Enterococcus spp. from Wild Birds and Differentiation of Closely Related Species. J Microbiol Biotechnol. 2017; 27 (6): 1128–1137. doi: 10.4014/jmb.1612.12036.

15. Дехнич А.В., Кречикова О.И., Туркова Л.И., Страчунский Л.С. Энтерококковое носительство и антибиотикорезистентность в отделении выхаживания недоношенных новорождённых. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2001; 3 (1): 28–38.

16. Soheili S., Ghafourian S., Sekawi Z., Neela V.K., Sadeghifard N., Taherikalani M. et al. The mazEF toxin-antitoxin system as an attractive target in clinical isolates of Enterococcus faecium and Enterococcus faecalis. Drug Des Devel Ther. 2015; 9: 2553–2561. doi: 10.2147/DDDT.S77263.

17. Hamada Y., Magarifuchi H., Oho M., Kusaba K., Nagasawa Z., Fukuoka M. et al. Clinical features of enterococcal bacteremia due to ampicillinsusceptible and ampicillin-resistant enterococci: An eight-year retrospective comparison study. J Infect Chemother. 2015 Jul; 21 (7): 527–530. doi: 10.1016/j.jiac.2015.04.001.

18. Sattari-Maraji A., Jabalameli F., Node Farahani N., Beigverdi R., Emaneini M. Antimicrobial resistance pattern, virulence determinants and molecular analysis of Enterococcus faecium isolated from children infections in Iran. BMC Microbiol. 2019; 19 (1): 156. doi: 10.1186/s12866-019-1539-y.

19. Фёдорова А.В., Клясова Г.А., Фролова И.Н., Хрульнова С.A., Ветохина А.В., Капорская Т.С. и др. Антибиотикорезистентность Enterococcus faecium и Enterococcus faecalis, выделенных из гемокультуры от больных с опухолями системы крови, в разные периоды исследования. Онкогематология. 2021; 16 (1): 54–63. doi: 10.17650/1818-8346-2021-16-1-54-63.

20. Zhang Y., Du M., Chang Y., Chen L.A., Zhang Q. Incidence, clinical characteristics, and outcomes of nosocomial Enterococcus spp. bloodstream infections in a tertiary-care hospital in Beijing, China: a four-year retrospective study. Antimicrob Resist Infect Control. 2017; 6: 73. Published 2017 Jul 4. doi: 10.1186/s13756-017-0231-y.

21. Tian Y., Yu H., Wang Z. Distribution of acquired antibiotic resistance genes among Enterococcus spp. isolated from a hospital in Baotou, China. BMC Res Notes. 2019; 12 (1): 27. doi: 10.1186/s13104-019-4064-z.

22. Růžičková M., Vítězová M., Kushkevych I. The characterization of Enterococcus genus: resistance mechanisms and inflammatory bowel disease. Open Med (Wars). 2020; 15: 211–224. doi: 10.1515/med-2020-0032.

23. Ramos S., Silva V., Dapkevicius Md.L.E., Igrejas G., Poeta P. Enterococci, from Harmless Bacteria to a Pathogen. Microorganisms. 2020; 8 (8):1118. doi: 10.3390/microorganisms8081118.

24. Parameswarappa J., Basavaraj V.P., Basavaraj C.M. Isolation, identification, and antibiogram of enterococci isolated from patients with urinary tract infection. Ann Afr Med. 2013; 12 (3): 176–181. doi: 10.4103/1596-3519.117629.

25. Сидоренко С. В., Тишков В. И. Молекулярные основы резистентности к антибиотикам. Успехи биологической химии. 2004; 44: 263–306.