Preview

Антибиотики и Химиотерапия

Расширенный поиск

Серотиповый состав Streptococcus pneumoniae, циркулирующих у детей с респираторными инфекциями, оптимизация молекулярных методов оценки

https://doi.org/10.37489/0235-2990-2021-66-11-12-18-24

Полный текст:

Аннотация

В работе представлены оптимизированные методы ПЦР- и сиквенс-типирования Streptococcus pneumoniae. С использованием оптимизированных методов проанализирован серотиповой состав пневмококков, выделенных от детей в возрасте до 5 лет с инфекциями верхних дыхательных путей. В период с 2016 по 2021 гг. отмечено снижение частоты серотипов, входящих в 13-валентную конъюгированную пневмококковую вакцину (ПКВ13) с 94,1 до 25,8%, преимущественно за счёт серогруппы 6ABCD и серотипа 19F. Охват циркулирующих у детей серотипов вакцинами ПКВ15 и ПКВ20 составил в 2021 г. 28,1 и 41,6%, соответственно. За период исследования наиболее существенно возросло количество невакцинных серогрупп 11AD и 15AF, а также серотипов, не детектируемых в рамках данного протокола капсульного ПЦР-типирования.

Об авторах

Е. В. Никитина
ФГБУ «Детский научно-клинический центр инфекционных болезней Федерального медико-биологического агентства»
Россия

 Никитина Екатерина Валерьевна — к. б. н.

 Санкт-Петербург

 WOS Researcher ID: AAE-4032-2022.

Scopus Author ID: 57211941455 



И. А. Цветкова
ФГБУ «Детский научно-клинический центр инфекционных болезней Федерального медико-биологического агентства»
Россия

 Цветкова Ирина Анатольевна — к. б. н.

Санкт-Петербург

WOS Researcher ID: F-9426-2017.

Scopus Author ID: 57197832461 



О. С. Калиногорская
ФГБУ «Детский научно-клинический центр инфекционных болезней Федерального медико-биологического агентства»
Россия

 Калиногорская Ольга Серафимовна — к. м. н. 


Санкт-Петербург

WOS Researcher ID: AAW-3832-2020.

Scopus Author ID: 56525317800 



В. В. Гостев
ФГБУ «Детский научно-клинический центр инфекционных болезней Федерального медико-биологического агентства»; ФГБОУ ВО «Северо-Западный государственный медицинский университет им. И. И. Мечникова» Минздрава России
Россия

 Гостев Владимир Валерьевич — к. б. н.

Санкт-Петербург

WOS Researcher ID: P-1949-2016.

Scopus Author ID: 55614534400 



С. С. Беланов
Университет Хельсинки, Институт Биотехнологии
Финляндия

 Беланов Сергей Сергеевич — к. б. н.,

Хельсинки



А. С. Мохов
ФГБОУ ВО «Северо-Западный государственный медицинский университет им. И. И. Мечникова» Минздрава России
Россия

Мохов Алексей Сергеевич

Санкт-Петербург

 WOS Researcher ID: AAV-2943-2021.

Scopus Author ID: 57206484035



Е. Л. Калисникова
ФГБУ «Детский научно-клинический центр инфекционных болезней Федерального медико-биологического агентства»
Россия

 Калисникова Екатерина Леонидовна

Санкт-Петербург 



В. А. Агеевец
ФГБУ «Детский научно-клинический центр инфекционных болезней Федерального медико-биологического агентства»
Россия

 Агеевец Владимир Андреевич — к. б. н.

Санкт-Петербург

WOS Researcher ID: F-9282-2017

Scopus Author ID: 55949608900 



Д. П. Гладин
ФГБОУ ВО «Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет» Минздрава России
Россия

 Гладин Дмитрий Павлович — к. м. н., доцент, и. о. заведующего кафедрой микробиологии, вирусологии и иммунологии

Санкт-Петербург

Scopus Author ID: 6603374770 



С. В. Сидоренко
ФГБУ «Детский научно-клинический центр инфекционных болезней Федерального медико-биологического агентства»; ФГБОУ ВО «Северо-Западный государственный медицинский университет им. И. И. Мечникова» Минздрава России
Россия

 Сидоренко Сергей Владимирович — д. м. н., профессор

 WOS Researcher ID: E-5870-2011.

Scopus Author ID: 7102484509 

 ул Профессора Попова, д. 9, г. Санкт-Петербург, 197022.

 



Список литературы

1. Simell B., Auranen K., Kayhty H., Goldblatt D., Dagan R, O'Brien K.L. et al. The fundamental link between pneumococcal carriage and disease. Expert Rev Vaccines. 2012; 11: 841–855.

2. Howard L.M., Zhu Y., Griffin M.R., Edwards K.M., Williams J.V., Gil A.I. et al. Nasopharyngeal Pneumococcal Density during Asymptomatic Respiratory Virus Infection and Risk for Subsequent Acute Respiratory Illness. Emerg Infect Dis. 2019; 25: 2040–2047.

3. Whitney C.G., Farley M.M., Hadler J., Harrison L.H., Bennett N.M., Lynfield R. et al. Decline in invasive pneumococcal disease after the introduction of protein-polysaccharide conjugate vaccine. N Engl J Med. 2003; 348: 1737–1746.

4. Ganaie F., Saad J.S., McGee L., van Tonder A.J., Bentley S.D., Lo S.W. et al. A new pneumococcal capsule type, 10D, is the 100th serotype and has a large cps fragment from an oral Streptococcus. mBio. 2020; 11 (3): e00937–20. doi: 10.1128/mBio.00937-20.

5. Geno K.A., Gilbert G.L., Song J.Y., Skovsted I.C., Klugman K.P., Jones C. et al. Pneumococcal capsules and their types: past, present, and future. clinical microbiology reviews. 2015; 28: 871–899.

6. Weinberger D.M., Malley R., Lipsitch M. Serotype replacement in disease after pneumococcal vaccination. Lancet. 2011; 378: 1962–1673.

7. Bentley S.D., Aanensen D.M., Mavroidi A., Saunders D., Rabbinowitsch E., Collins M. et al. Genetic analysis of the capsular biosynthetic locus from all 90 pneumococcal serotypes. PLoS Genet. 2006; 2: e31.

8. Brito D.A., Ramirez M., de Lencastre H. Serotyping Streptococcus pneumoniae by multiplex PCR. J Clin Microbiol. 2003; 41: 2378–2384.

9. Kong F., Wang W., Tao J., Wang L., Wang Q., Sabananthan A. et al. A molecular-capsular-type prediction system for 90 Streptococcus pneumoniae serotypes using partial cpsA-cpsB sequencing and wzy- or wzx-specific PCR. J Med Microbiol. 2005; 54: 351–356.

10. Lawrence E.R., Griffiths D.B., Martin S.A., George R.C., Hall L.M. Evaluation of semiautomated multiplex PCR assay for determination of Streptococcus pneumoniae serotypes and serogroups. J Clin Microbiol. 2003; 41: 601–607.

11. O'Halloran D.M., Cafferkey M.T. Multiplex PCR for identification of seven Streptococcus pneumoniae serotypes targeted by a 7-valent conjugate vaccine. J Clin Microbiol. 2005; 43: 3487–3490.

12. Pai R., Gertz R.E., Beall B. Sequential multiplex PCR approach for determining capsular serotypes of Streptococcus pneumoniae isolates. J Clin Microbiol. 2006; 44: 124–131.

13. Conventional PCR deduction of 40 pneumococcal serotypes or serogroups. Available at: http://www.cdc.gov/streplab/pcr.html (Accessed 02.09.2020).

14. Leung M.H., Bryson K., Freystatter K., Pichon B., Edwards G., Charalambous B.M. et al. Sequetyping: serotyping Streptococcus pneumoniae by a single PCR sequencing strategy. J Clin Microbiol. 2012; 50: 2419–2427.

15. Калиногорская О.С., Волкова М.О., Беланов С.С., Гостев В.В., Сидоренко С.В. Антибиотикорезистентность и серотиповый состав Streptococcus pneumoniae, выделенных у детей в Санкт-Петербурге в 2010–2013 гг. Антибиотики и химиотер. 2015; 60 (1–2): 10–18.

16. http://www.biometrica.tomsk.ru/freq1.htm.

17. Levy C., Ouldali N., Caeymaex L., Angoulvant F., Varon E., Cohen R. Diversity of Serotype Replacement After Pneumococcal Conjugate Vaccine Implementation in Europe. J Pediatr. 2019; 213: 252–3 e3.

18. Tatochenko V., Sidorenko S., Namazova-Baranova L., Mayanskiy N., Kulichenko T., Baranov A. et al. Streptococcus pneumoniae serotype distribution in children in the Russian Federation before the introduction of pneumococcal conjugate vaccines into the National Immunization Program. Expert Rev Vaccines. 2014; 13: 257–264.

19. Sidorenko S., Rennert W., Lobzin Y., Briko N., Kozlov R., Namazova-Baranova L. et al. Multicenter study of serotype distribution of Streptococcus pneumoniae nasopharyngeal isolates from healthy children in the Russian Federation after introduction of PCV13 into the National Vaccination Calendar. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. 2020; 96: 114914.

20. Mayanskiy N., Kulichenko T., Alyabieva N., Brzhozovskaya E., Ponomarenko O., Savinova T. et al. Changing serotype distribution and resistance patterns among pediatric nasopharyngeal pneumococci collected in Moscow, 2010–2017. Diagn Microbiol Infect Dis. 2019; 94 (4): 389–390. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2019.02.010.

21. Nagaraj G., Ganaie F., Govindan V., Ravikumar K.L. Development of PCRSeqTyping-a novel molecular assay for typing of Streptococcus pneumoniae. Pneumonia (Nathan). 2017; 9: 8.


Рецензия

Для цитирования:


Никитина Е.В., Цветкова И.А., Калиногорская О.С., Гостев В.В., Беланов С.С., Мохов А.С., Калисникова Е.Л., Агеевец В.А., Гладин Д.П., Сидоренко С.В. Серотиповый состав Streptococcus pneumoniae, циркулирующих у детей с респираторными инфекциями, оптимизация молекулярных методов оценки. Антибиотики и Химиотерапия. 2021;66(11-12):18-24. https://doi.org/10.37489/0235-2990-2021-66-11-12-18-24

For citation:


Nikitina E.V., Tsvetkova I.A., Kalinogorskaya O.S., Gostev V.V., Belanov S.S., Mokhov A.S., Kalisnikova E.L., Ageevets V.A., Gladin D.P., Sidorenko S.V. Serotype composition of Streptococcus pneumoniae in children with respiratory infections, optimization of molecular assessment methods. Antibiotics and Chemotherapy. 2021;66(11-12):18-24. (In Russ.) https://doi.org/10.37489/0235-2990-2021-66-11-12-18-24

Просмотров: 112


ISSN 0235-2990 (Print)